Jack e Kate discutono animatamente con Miles che cerca di far confessare ai due dove si trovi Ben. Jack dice che Locke ha preso anche Charlotte come ostaggio e questo porta Miles a chiedere ai due di andare in missione per trovare Locke, ma Sayid ferma la conversazione e chiede a Frank di essere portato alla nave con l’elicottero in cambio della promessa di riportare indietro Charlotte sana e salva. Frank accetta lo scambio. In un flash-forward si vede Sayid che gioca a golf. Viene interrotto da un tizio apparentemente tranquillo e sconosciuto a cui rivela di essere uno dei “Sei della Oceanic”. Il tizio sembra non voler più scherzare con Sayid, che lo uccide a sangue freddo con un colpo di pistola. In un altro flash-forward, Sayid è in un bar di Berlino e incontra una affascinante donna bionda, Elsa, che dice di lavorare per un economista. Fissa un appuntamento a cena con lei e uscito dal bar, il nostro fa una telefonata ad una persona non identificata, dicendole di aver stabilito il contatto. Sull’isola Sayid scopre che Naomi aveva con sé una foto di Desmond, che Juliet va a chiamare alla spiaggia. Intanto Locke non riesce a trovare la cascina di Jacob e decide di portare il gruppo agli appartamenti. Jack spinge Kate a partire con Sayid e Miles perché è convinto che Locke non possa farle nulla visto che Sawyer glielo impedirebbe. Nel tragitto, Sayid confida a Miles che è per colpa del loro arrivo che il loro gruppo si è scisso in due. Daniel, sull’isola, fa esperimenti satellitari attraverso un telefono in contatto con una certa Regina. Sayid, Kate e Miles arrivano agli appartamenti, apparentemente deserti, ed in uno di questi (sembrerebbe quello di Juliet) in un armadio trovano Hurley imbavagliato. Questi racconta loro di essere stato messo lì da Locke, e che il gruppo sarebbe passato per casa di Ben, così i tre vi si recano assieme a lui, ma si tratta di una trappola: Hurley in realtà era d’accordo con Locke. Intanto, arriva il carico che Daniel aveva chiesto al telefono a Regina, ma scopre che all’interno c’è un orologio indietro di mezz’ora. Nella casa di Ben, Sayid scopre un passaggio segreto pieno di passaporti falsi, banconote di diversi Paesi e vestiti, ma quando corre a soccorrere Kate, incastrata da Sawyer, viene catturato da Locke e messo nella stanza del biliardo insieme con Ben che continua a provocarlo, finché non entra Locke. Sayid chiede a Locke di consegnargli Charlotte per ottenere informazioni sui nuovi arrivati, ma Locke gli rivela che Ben ha un uomo su quella nave. Ben non vuole rivelare nulla, e Sayid dice che il giorno in cui gli crederà sarà quello in cui avrà venduto la sua anima. Alla fine Locke e Sayid raggiungono il compromesso di uno scambio: Charlotte per Miles. Si ritorna al flash-forward dove si vede che Elsa e Sayid hanno una relazione e la donna lo convince a rivelargli che lavoro fa, quando suona il cercapersone di lei. Sayid, che si sente in colpa per quanto sa che deve fare, le rivela che deve lasciare Berlino e che ucciderà il suo boss. Elsa reagisce sparandogli un colpo di pistola alla spalla e chiama subito il suo capo, ma quando finisce la telefonata, Sayid la uccide. Intanto sull’isola, Desmond cerca di capire perché Naomi aveva la sua foto con sé e chiede a Frank se conosce Penelope Widmore. Non ottenendo risposte, decide di raggiungere la nave con l’elicottero. Jack e Juliet vedono tornare Sayid con Charlotte senza Miles, Frank accusa Sayid di aver barato ma mantiene comunque la promessa fattagli. Al momento di imbarcarsi, in disparte, Daniel raccomanda a Frank di seguire la stessa rotta dell’andata. Sayid chiede di riportare Naomi a casa visto che c’è un posto sull’elicottero che nessuno vuole occupare. Nell’ultimo flash-forward, Sayid raggiunge una sala operatoria veterinaria, dove un medico gli estrae la pallottola dalla spalla. Mentre parlano, si scopre che il medico è Ben e che Sayid fa il sicario per lui. Ben lo invita a non farsi scrupoli e di ricordarsi che fa quel lavoro per salvare i propri amici. Poi aggiunge che ha un altro nome per lui, ma questi gli dice che adesso sanno che lo stanno cercando (probabilmente si riferisce al falso economista), ma Ben non sembra sconvolto dalla notizia.